אירוע הירי בחברון עורר סערה גם במערכת הפוליטית. מרבית הח"כים הצטרפו לגינוי המהיר של רה"מ נתניהו ושל שר הביטחון יעלון, אך יש מי שטען כי החייל דווקא פעל כשורה.

ח"כ בצלאל סמוטריץ' (הבית היהודי) תקף את הודעת רה"מ ואמר: "חבל שנתניהו מיישר קו עם הפוליטיקלי קורקט השמאלני. מבחינה מוסרית מחבל שניסה לרצוח יהודים הוא בן מוות". גם יו"ר ישראל ביתנו ח"כ אביגדור ליברמן טען כי "ההתנפלות על החייל הינה צבועה ולא מוצדקת, ועדיף חייל שטעה ונשאר בחיים על פני חייל שהיסס ומחבל הרג אותו".

מנגד, יו"ר האופוזיציה ויו"ר מפלגת העבודה ח"כ יצחק הרצוג אמר כי מדובר באירוע שמתנוסס מעליו דגל שחור. "טוהר הנשק הוא ערך מקודש של צה"ל". ח"כ עפר שלח (יש עתיד), חבר ועדת החוץ והביטחון, אמר כי: "נבזותם הרצחנית של המחבלים אינה סיבה לצה"ל להתפרק מערכיו. התמונות מוכיחות שאמירותיו של הרמטכ"ל בעניין מוסר הלחימה היו ראויות ונחוצות. המוסר הוא מקור עוצמתו של הצבא, וויתור עליו אפילו במעט בגלל הקשיים שמעורר הטרור יהיה פגיעה בביטחון הלאומי".