הישיבה השגרתית של הממשלה ביום ראשון 27 ביוני 1976, הייתה מפוהקת ומשעממת. לישיבה הכניסו את כריכי הטונה, וראש אגף המודיעין דיווח על דיוני ועידת ריאד שעסקה בקרבות בלבנון. באותו הזמן טיסה 139 מתל־אביב לפריז נחתה באתונה לחניית ביניים. 190 נוסעים ואנשי צוות היו במטוס שהמריא לפריז. באתונה הצטרפו לטיסה מספר צעירים וצעירות שלא מצאו חן, כמעט מהרגע הראשון, בעיני חלק מהנוסעים. חלפו שמונה דקות של טיסה נעימה כאשר שני נוסעים שהצטרפו לטיסה באתונה קמו ממקומותיהם ואחד מהם הרים כוס שמפניה. זה היה אות לתחילת הפעולה. מחבל עם אקדח פרץ לתא הטייס וחטף את הטיסה. פרויקה פורן, המזכיר הצבאי של ראש הממשלה יצחק רבין, נתן פתק מקופסת השולחן ורשם מיד את המילים הבאות: "אבד קשר עם מטוס אייר־פראנס שבו נוסעים ישראלים רבים. המטוס היה בדרך מאתונה לפריז".

הייתה זו תקופה קשה. המטוס המריא לכיוון תל־אביב ושר הביטחון, שמעון פרס, מיהר לשדה התעופה ושם פגש את סיירת מטכ"ל שכבר הגיעה לשדה. אולם המטוס המשיך לכיוון לוב והוריד בחניית ביניים את אחת הנוסעות שטענה כי חשה ברע. לבסוף נחת המטוס באנטבה, בירת אוגנדה, ושישה ימי תלאות עברו על הנוסעים שהופרדו ביניהם ובחלקם הגיעו לפריז לאחר שזוהו או הזדהו כלא־יהודים. רק יהודים נשארו בבית הנתיבות של אנטבה. במדינת ישראל סערו הרוחות לנוכח הסיפורים שהגיעו מאנטבה על "סלקציה" בין יהודים ללא־יהודים והזכירו את ימי השואה. שבוע התלאות הסתיים כאשר צה"ל, בהובלת סיירת מטכ"ל, פעל לשחרור החטופים באוגנדה. במהלך המבצע נהרגו שלושה בני ערובה וכן מפקד סיירת מטכ"ל, יונתן נתניהו. בעקבות זאת נקרא המבצע גם על שמו ‑ "מבצע יונתן".